Urodził się w 1868 r. w Shuri na Okinawie. Jego pierwszymi nauczycielami karate byli wielcy mistrzowie Azato oraz Itosu.

Funakoshi uznawany jest za twórcę współczesnego karate. To on zebrał i usystematyzował techniki karate tworząc spójny system walki. Również on zmienił pisownię słowa karate z „chińskie ręce” na „puste ręce”, co przyczyniło się do rozwoju tej sztuki na terenie całej Japonii. Za sprawą Funakoshiego wprowadzono karate do programu nauczania w szkołach, dostrzegając wychowawczo–zdrowotne walory tej sztuki.

Funakoshi nauczał karate jako systemu samoobrony, który rozwija nie tylko umiejętność walki, ale wpływa także na rozwój duchowy osoby ćwiczącej.

W 1921 r. Funakoshi zaprezentował swoje karate w Tokio na wystawie sztuk wojennych, gdzie zostało bardzo dobrze przyjęte przez ówczesne władze.

W 1922 r. Funakoshi wydał pierwszą książkę o karate pt.  „Ryukyu Kempo karate”, czyli „Walka na pięści z wysp Ryukyu”.

Funakoshi widząc jakim zainteresowaniem cieszy się karate postanawia pozostać w Tokio i tam rozpoczyna jego nauczanie. Początki jego pracy w Tokio nie były łatwe. Funakoshi musiał imać się różnych innych zajęć by zarobić na życie. W 1935 r. za sprawą przyjaciół powstaje Dojo (sala ćwiczeń), w której nauczał Funakoshi. Dojo przyjeło swą nazwę od pseudonimu artystycznego Funakoshiego z okresu kiedy tworzył poezję, dając jednocześnie nazwę dla stylu karate przez niego nauczanego – SHOTOKAN.

W 1955 r. Funakoshi stanął na czele JKA, Japońskiej Organizacji Karate skupiającej najlepszych instruktorów propagujących karate na całym świecie.

Zmarł 14 listopada 1957 r. w wieku 90 lat , do końca zachowując sprawność i pogodę ducha.

W 1968 r. w Świątyni Enkaku–ji wystawiono obelisk ku czci Funakoshiego, na którym wyryto słowa „Karate ni sente nashi” („Karate nigdy nie atakuje pierwsze”). Słowa te są kluczem dla wszystkich chcących trenować i zrozumieć sens karate.

Śmierć Funakoshiego zakończyła jeden z głównych etapów w rozwoju współczesnego karate.